Analyse und algorithmische Erweiterung von Methoden zum strukturellen Vergleich von Proteinbindestellen

Diplomarbeit aus dem Jahr 2010 im Fachbereich Informatik - Bioinformatik, Note: 1,5, Johann Wolfgang Goethe-Universitt Frankfurt am Main (Knowledge Engineering & Bioinformatics), Sprache: Deutsch, Abstract: Die automatisierten Vergleiche von Proteinbindestellen haben sich zu einem wichtigen Element des computergesttzten Drug design entwickelt, um etwa mgliche Nebenwirkungen schon in einer frhen Entwicklungsphase detektieren zu knnen. Das Ziel dieser Arbeit ist es, Bindetaschenvergleiche der Datenbank "Relibase" zu optimieren. Die Reprsentationen der Bindestellen, die als Eingaben fr die Vergleichsalgorithmen dienen, werden dafr in Bezug auf ihre physikochemischen Eigenschaften unschrfer erfasst. Dadurch sollen abstrakte Taschenvergleiche gelingen, die weitreichendere Strukturhnlichkeiten zwischen Bindetaschen erkennen knnen, als es bisher mglich war. Auerdem wird die rumliche Struktur (Konvexitt bzw. Konkavitt) einzelner Oberflchenbereiche in die Vergleiche miteinbezogen. Die dreidimensionale Form von Bindetaschenregionen wurde bislang noch nicht von den Vergleichsalgorithmen bewertet, sondern nur durch eine nachtrgliche Filterung der Ergebnisse bercksichtigt. Es soll deshalb untersucht werden, ob sich die Ergebnisse durch diese Erweiterungen der Vergleichsalgorithmen verbessern lassen.