Protemica cuantitativa con X!Tandem (TPP) - Skyline - MSstats : Guía para estudiantes de TFG, TFM y doctorado

El propsito de este trabajo es brindar una gua prctica y til enfocada al anlisis de protemica cuantitativa, tanto libre de marcaje como con determinados marcajes, para los estudiantes de trabajos de fin de grado, de fin de mster y de doctorado en reas de ciencias como los desarrollados en Departamentos de Bioqumica y Biologa Molecular. En estas pginas se describir, en detalle, los diferentes pasos a seguir para realizar un anlisis fiable de las muestras haciendo uso de los programas libres X!Tandem (en la plataforma TPP: Trans Proteomic Pepiline), Skyline y MSstats (junto con otra alternativa, Perseus), sin necesidad de tener que aprender cdigo. Gracias al desarrollo de los pasos aqu mostrados se podr pasar desde los archivos crudos (.raw, en equipos de ThermoScientific) obtenidos en el espectrmetro de masas a las tablas finales filtradas por fold change y valor de p, as como se da unas pinceladas de anlisis posteriores, pero necesarios, a la obtencin de estos datos.